Show simple item record

dc.creatorMarić, Slađana
dc.creatorLukić, Milan
dc.creatorBošković, Radovan
dc.date.accessioned2023-11-29T09:54:20Z
dc.date.available2023-11-29T09:54:20Z
dc.date.issued2018-04-26
dc.identifier.urihttps://refri.institut-cacak.org/handle/123456789/790
dc.description.abstractNovo tehničko rešenje (nije komercijalizovano), odnosno nova genska proba Alel d ETR1 gena jabuke [Malus × domestica ethylene receptor 1 (ETR1) gene, ETR1-d allele, partial cds], predstavlja inovativno rešenje koje omogućava preciznu detekciju novoidentifikovanog alela d ETR1 gena kod sorti, selekcija i hibridnih potomstava jabuke. Ova genska proba je rezultat istraživanja usmerenih ka proučavanju alelnog polimorfizma gena uključenog u percepciju etilena - ETR1 gena, koji inicirajući kaskadu reakcija dovodi do fiziološkog odgovora. Treba istaći da do sada nema objavljenih podataka o ispitivanju alelnog polimorfizma gena koji kodiraju receptore za etilen kod jabuke, niti kod drugih vrsta biljaka. Takođe, posebno treba naglasiti i da su proučavanja alelnog polimorfizma ETR1 gena u okviru ovih istraživanja sprovedena na velikom broju genotipova jabuke različitog porekla, kao i da je alel d do sada identifikovan isključivo u autohtonom materijalu. Ključni elementi koji su doveli do realizacije ove genske probe odnose se na: umnožavanje fragmenta ETR1 gena sa genomske DNK uzorka autohtonog genotipa ʻKamenica 1ʼ (d,a/c/d), primenom PCR metode sa dizajniranim prajmerima (ETR1–F i ETR1–R) i optimiziranim PCR uslovima u okviru ovih istraživanja; restrikcionu analizu PCR proizvoda ETR1 gena sa RsaI, AluI i HinfI enzimima; umnožavanje prvog i drugog dela genomskog fragmenta ETR1 gena sa novodizajniranim internim prajmerima (ETRint–F i ETRint–R1) kombinovanim sa ETR1–F i ETR1–R, za potrebe sprovođenja procedure kloniranja; prečišćavanje PCR proizvoda prvog i drugog dela genomskog fragmenta; pripremu inserta i ligaciju u vektor (pCR®2.1); transformaciju kompetentnih ćelija (One Shot™ TOP10F kompetentne Escherichia coli); plazmid pre-test; ekstrakciju plazmida; digestiju plazmida (sa EcoRI, uz dodatnu restrikciju sa RsaI i HinfI enzimima za potvrđivanje alela); analizu sekvenci (DNAStar Lasergene Software). Sekvenca alela d je deponovana u NCBI GenBank bazu podataka pod pristupnim brojem JQ867362. Alel d poseduje šest egzona i šest introna (prvi intron je lociran u vodećoj sekvenci, dok se ostali introni nalaze u kodirajućem regionu), ukupne dužine 4.049 bp (dužina egzona - 2.223 bp; dužina introna - 1.826 bp). Identičnost na nukleotidnom nivou između alela d i alela identifikovanih i prikazanih u okviru drugih tehničkih rešenja (JQ867359, JQ867360, JQ867361 i JQ867363 - sekvence alela a, b, c i e, resp.), kreće se od 98,8% (aleli d i e) do 99,5% (aleli d i a). Najmanja divergentnost uočena je poređenjem sekvenci četvrtog introna, a najveća upoređivanjem sekvenci petog, odnosno šestog introna. Dužine introna alela d ETR1 gena jabuke približno su iste kao kod ETR1 gena kruške, dok su značajne razlike utvrđene analizom drugog i šestog introna jabuke i breskve. Poređenjem dedukovane aminokiselinske sekvence alela d (741 aminokiselina) i sekvenci prethodno navedenih alela (a, b, c i e), utvrđen je nivo identičnosti od 98,4% (aleli d i c) do 99,3% (aleli d i a), što ukazuje na to da je proteinska sekvenca visoko konzervirana. Na osnovu aminokiselinske sekvence alela d, evidentno je da ETR1 receptor jabuke pripada potfamiliji I, a karakteristike na osnovu kojih se svrstava su: tri transmembranska subdomena na N-terminalnom kraju receptora; postojanje tzv. GAF domena, čija funkcija još nije razjašnjena ali se pretpostavlja da je odgovoran za vezivanje cGMP; očuvani histidin-kinazni domen (konzervirani His-353 i H, N, G1, F i G2 motivi); pozicija introna u kodirajućem regionu. Detaljnom analizom aminokiselinske sekvence alela d ETR1 gena utvrđeno je da su očuvani svi segmenti esencijalni za funkcionisanje receptora. Direktna aplikativnost dobijenih rezultata se ogleda u razvijenoj metodi za preciznu, relativno jednostavnu i brzu detekciju alela d kod genotipova jabuke, a koja podrazumeva amplifikaciju genomskog fragmenta ETR1 gena primenom lančane reakcije polimeraze (detaljno opisana procedura u okviru elaborata) i digestiju sa tri restrikciona enzima - RsaI, AluI i HinfI, pri čemu ovom alelu odgovaraju polimorfni fragmenti sledećih veličina: 800 bp (fragment f1; digestija sa RsaI), 850 bp (fragment f1; digestija sa AluI) i 1.130 bp (fragment f2; digestija sa HinfI).sr
dc.language.isosrsr
dc.relationinfo:eu-repo/grantAgreement/MESTD/Technological Development (TD or TR)/31064/RS//sr
dc.rightsclosedAccesssr
dc.sourceTehničko rešenje prihvaćeno od strane Matičnog naučnog odbora za biotehnologiju i poljoprivredu na 15. redovnoj sednici od 26. aprila 2018. godinesr
dc.subjectjabukasr
dc.subjectetilensr
dc.subjectETR1 receptorsr
dc.subjectETR1 gensr
dc.subjectalelsr
dc.titleAlel d ETR1 gena jabuke [Malus × domestica ethylene receptor 1 (ETR1) gene, ETR1-d allele, partial cds]sr
dc.typetechnicalReportsr
dc.rights.licenseARRsr
dc.rights.holderInstitut za voćarstvo, Čačaksr
dc.description.otherNovo tehničko rešenje (nije komercijalizovano) - nova genska proba (M85)sr
dc.type.versionpublishedVersionsr


Files in this item

Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record