Detekcija i molekularna karakterizacija grapevine Pinot gris virus u vinogradima Srbije

Abstract

Grapevine Pinot gris virus (GPGV), član roda Trichovirus, familije Betaflexviridae je otkriven 2012. godine na sorti grožđa Burgundac sivi (’Pinot Gris’) u Italiji, a nakon toga je potvrđen u brojnim zemljama širom sveta. Kod osetljivih sorti vinove loze izaziva deformacije i hlorotično šarenilo lišća, skraćenje internodija lastara i kržljavost. Kod čokota sa izraženim simptomima prinos može biti umanjen i do 85%. Vektor virusa je eriofidna grinja Colomerus vitis. Prisustvo GPGV u Srbiji je prvi put potvrđeno 2015. godine u samo jednom uzorku vinove loze. U cilju ispitivanja prisustva GPGV u vinogradima Rasinskog okruga u periodu 2020−2022. godine sakupljeno je i analizirano 65 uzoraka vinove loze. Detekcija je urađena metodom reverzne transkripcije i lančane reakcije polimeraze (RT-PCR). Ekstrakcija ukupnih nukleinskih kiselina iz uzoraka lišća urađena je sa 2% CTAB puferom. Za reverznu transkripciju korišćeni su pd(N)6 random prajmeri, dok je PCR urađen sa dva seta GPGVspecifičnih prajmera (GPGVRepF/GPGVRepR i GPGVDetF/GPGVDetR) koji umnožavaju fragmente od 525 bp i 585 bp u okviru RdRp i MP/CP gena. Dobijeni PCR proizvodi su analizirani elektroforezom u 1,5% agaroznom gelu i bojenjem etidijum-bromidom. U 14 ispitivanih uzoraka vinove loze sorti ’Red Globe’, ’Victoria’ i ’Preobraženje’, sa simptomima kržljavih lastara sa skraćenim internodijama, deformisanih i hlorotičnih listova potvrđeno je prisustvo GPGV. Virus nije potvrđen u uzorcima bez simptoma. Umnoženi PCR fragmenti osam odabranih izolata su prečišćeni i sekvencirani (Macrogen, Holandija). Dobijene sekvence su pokazale 97,3−100% nukleotidne identičnosti (RdRp gen), odnosno 97,6−100% (MP/CP gen). Sekvence su deponovane u GenBank (Acc. No. OP279698−OP279713). BLAST analiza sekvenci RdRp gena je pokazala najviši stepen nukleotidne identičnosti (99,62%) srpskih izolata GPGV sa izolatima iz Španije, Švajcarske i Slovačke (KY404083, ON237610 i KF134125), dok su sekvence MP/CP gena pokazale najviši stepen identičnosti 99,49% sa izolatima iz Italije (BK011064, BK011089 i BK011101). Dobijeni rezultati prisustva GPGV u Rasinskom okrugu, jednom od najznačajnijih u zemlji po proizvodnji grožđa, ukazuju na potrebu primene mera kontrole sa ciljem sprečavanja i usporavanja širenja ovog virusa koji potencijalno može ugroziti proizvodnju vinove loze.