An overview of S-genotype diversity in sweet cherry landraces grown in the central region of the Republic of Serbia
Diverzitet S-genotipa autohtonog materijala trešnje gajene na prostoru centralne Srbije
Аутори
Marić, SlađanaRadičević, Sanja
Milošević, Nebojša
Glišić, Ivana
Đorđević, Milena
Banović Đeri, Bojana
Чланак у часопису (Објављена верзија)
Метаподаци
Приказ свих података о документуАпстракт
Identification of the S-genotypes in landraces is a crucial step in the molecular characterization of Serbian autochthonous sweet cherry germplasm. It is also of enormous significance for breeders and growers, as this fruit species exhibits a gametophytic self-incompatibility, controlled by the multi-allelic two genes of the S-locus. The aim of this study was to summarize known information and reveal new data on the S-alleles in 23 sweet cherry landraces originating in the Republic of Serbia. The use of polymerase chain reaction (PCR) with consensus primers for the second intron of S-RNase, primers specific for S-RNase and certain SFB alleles, along with DNA fragment analysis using fluorescently labelled forward primers to amplify both the S-RNase first intron and the SFB intron, revealed 10 alleles (S1 to S6, S9, S12, S13 and S22) that generated the following 13 S-genotypes: S1S2 (one landrace), S1S4 (one landrace), S1S5 (one landrace), S2S3 (four landraces), S3S4 (two landraces), S3S...5 (two landraces), S3S6 (three landraces), S3S9 (two landraces), S3S12 (two landraces), S4S5 (one landrace), S4S13 (one landrace), S5S22 (one landrace) and S6S9 (two landraces). The most frequent S-allele and S-genotype in this sweet cherry material were S3 and S2S3, with occurrence frequencies of 32.6% and 17.4%, respectively. Based on the obtained results, the sweet cherry landraces were assigned to 12 incompatibility groups and one group of universal donors (ʻ0ʼ). These results provide important information about their cross-compatibility and the diversity of the S-locus in Serbian sweet cherry germplasm.
Trešnja (Prunus avium L.) je samobesplodna vrsta voćaka, čija je auto-inkompatibilnost gametofitnog tipa, regulisana ekspresijom dva gena S-lokusa odgovornih za sintezu proteina S-RNaze i SFB, odnosno ženske i muške komponente specifičnosti prepoznavanja sopstvenog i nesopstvenog polena. Stoga je ekspresija gena S-lokusa od esencijalnog značaja za regulisanje genetičke kompatibilnosti sorti trešnje, koje su međusobno inkompatibilne ukoliko su istog S-haplotipa. Za trešnju je karakteristično da postoji određeni broj samooplodnih sorti koje mogu zametati plodove pri oprašivanju sopstvenim polenom i istovremeno, zahvaljujući mutaciji u SFB genu, predstavljaju univerzalne oprašivače za ostale sorte. Nа оsnоvu S-gеnоtipа, sоrtе trеšnjе su klasifikovane u do sada poznate 63 grupe inkompatibilnosti (оznаčеnе оd I dо LXIII), kao i grupu sаmооplоdnih sоrti i grupu „0”, kојој pripаdајu sоrtе rеtkоg S-gеnоtipа kојi im оmоgućаvа dа budu pоtеnciјаlnо dоbri оprаšivаči sоrtаmа drugih grupа. Identifik...acija S-genotipova kod autohtonih genotipova trešnje je ključan korak u molekularnoj karakterizaciji materijala kolekcionisanog na prostoru Republike Srbije, i od ogromnog je značaja kako za oplemenjivače, tako i za proizvođače zainteresovane za proizvodnju kvalitetnih genotipova adaptiranih na određene agro-ekološke uslove. Cilj ovog istraživanja bio je da sažme poznate informacije i otkrije nove podatke o S-alelima kod 23 autohtona, odnosno gеnоtipa trešnje nеpоznаtоg pоrеklа gajenih na različitim lokalitetima centralne Srbije. Genomska DNK ispitivanih genotipova trešnje je izolovana iz uzoraka mladog lista, primenom modifikovane CTAB mini prep metode. Upotreba lančane reakcije polimeraze (PCR) sa konsenzus prajmerima za drugi intron S-RNaze, prajmerima specifičnim za S-RNazu i određene alele SFB gena, zajedno sa DNK fragment analizom sa fluorescentno obeleženim prajmerima za amplifikaciju prvog introna S-RNaze i SFB introna, otkrila je 10 alela (S1 do S6, S9, S12, S13 i S22) koji su generisali 13 S-genotipova: S1S2 (jedan genotip), S1S4 (jedan genotip), S1S5 (jedan genotip), S2S3 (četiri genotipa), S3S4 (dva genotipa), S3S5 (dva genotipa), S3S6 (tri genotipa), S3S9 (dva genotipa), S3S12 (dva genotipa), S4S5 (jedan genotip), S4S13 (jedan genotip), S5S22 (jedan genotip) i S6S9 (dva genotipa). U ispitivanom autohtonom materijalu ustanovljeno je da je S3 najzastupljeniji alel, sa frekvencijom od 32,6%, dok je S2S3 najčešći S-genotip, sa učestalošću od 17,4%. Na osnovu dobijenih rezultata, autohtoni genotipovi trešnje su svrstani u 12 grupa inkompatibilnosti i grupu univerzalnih donora („0”). Rezultati ovog rada pružaju važne informacije o njihovoj međusobnoj kompatibilnosti i diverzitetu S-lokusa kod genotipova trešnje decenijama gajenih na prostoru naše zemlje.
Кључне речи:
Prunus avium L. / autochthonous genotype / S-RNase / SFB / S-haplotype / gametophytic self-incompatibility / autohtoni genotip / S-RNaza / SFB / S-haplotip / gametofitna samo-inkompatibilnostИзвор:
Voćarstvo, 2023, 57, 217-218, 93-103Издавач:
- Čačak : Naučno voćarsko društvo Srbije
Финансирање / пројекти:
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200215 (Институт за воћарство, Чачак) (RS-MESTD-inst-2020-200215)
- Министарство науке, технолошког развоја и иновација Републике Србије, институционално финансирање - 200042 (Универзитет у Београду, Институт за молекуларну генетику и генетичко инжењерство) (RS-MESTD-inst-2020-200042)
- CherrySeRB - Genetic potential of Serbian autochthonous cherry genotypes for temperature-adaptable reproductive behaviour and nutraceutical value (RS-ScienceFundRS-Ideje-7739716)
URI
https://doi.org/10.18485/pomology.2023.57.217_218.2https://refri.institut-cacak.org/handle/123456789/841
Институција/група
Institut za voćarstvoTY - JOUR AU - Marić, Slađana AU - Radičević, Sanja AU - Milošević, Nebojša AU - Glišić, Ivana AU - Đorđević, Milena AU - Banović Đeri, Bojana PY - 2023 UR - https://doi.org/10.18485/pomology.2023.57.217_218.2 UR - https://refri.institut-cacak.org/handle/123456789/841 AB - Identification of the S-genotypes in landraces is a crucial step in the molecular characterization of Serbian autochthonous sweet cherry germplasm. It is also of enormous significance for breeders and growers, as this fruit species exhibits a gametophytic self-incompatibility, controlled by the multi-allelic two genes of the S-locus. The aim of this study was to summarize known information and reveal new data on the S-alleles in 23 sweet cherry landraces originating in the Republic of Serbia. The use of polymerase chain reaction (PCR) with consensus primers for the second intron of S-RNase, primers specific for S-RNase and certain SFB alleles, along with DNA fragment analysis using fluorescently labelled forward primers to amplify both the S-RNase first intron and the SFB intron, revealed 10 alleles (S1 to S6, S9, S12, S13 and S22) that generated the following 13 S-genotypes: S1S2 (one landrace), S1S4 (one landrace), S1S5 (one landrace), S2S3 (four landraces), S3S4 (two landraces), S3S5 (two landraces), S3S6 (three landraces), S3S9 (two landraces), S3S12 (two landraces), S4S5 (one landrace), S4S13 (one landrace), S5S22 (one landrace) and S6S9 (two landraces). The most frequent S-allele and S-genotype in this sweet cherry material were S3 and S2S3, with occurrence frequencies of 32.6% and 17.4%, respectively. Based on the obtained results, the sweet cherry landraces were assigned to 12 incompatibility groups and one group of universal donors (ʻ0ʼ). These results provide important information about their cross-compatibility and the diversity of the S-locus in Serbian sweet cherry germplasm. AB - Trešnja (Prunus avium L.) je samobesplodna vrsta voćaka, čija je auto-inkompatibilnost gametofitnog tipa, regulisana ekspresijom dva gena S-lokusa odgovornih za sintezu proteina S-RNaze i SFB, odnosno ženske i muške komponente specifičnosti prepoznavanja sopstvenog i nesopstvenog polena. Stoga je ekspresija gena S-lokusa od esencijalnog značaja za regulisanje genetičke kompatibilnosti sorti trešnje, koje su međusobno inkompatibilne ukoliko su istog S-haplotipa. Za trešnju je karakteristično da postoji određeni broj samooplodnih sorti koje mogu zametati plodove pri oprašivanju sopstvenim polenom i istovremeno, zahvaljujući mutaciji u SFB genu, predstavljaju univerzalne oprašivače za ostale sorte. Nа оsnоvu S-gеnоtipа, sоrtе trеšnjе su klasifikovane u do sada poznate 63 grupe inkompatibilnosti (оznаčеnе оd I dо LXIII), kao i grupu sаmооplоdnih sоrti i grupu „0”, kојој pripаdајu sоrtе rеtkоg S-gеnоtipа kојi im оmоgućаvа dа budu pоtеnciјаlnо dоbri оprаšivаči sоrtаmа drugih grupа. Identifikacija S-genotipova kod autohtonih genotipova trešnje je ključan korak u molekularnoj karakterizaciji materijala kolekcionisanog na prostoru Republike Srbije, i od ogromnog je značaja kako za oplemenjivače, tako i za proizvođače zainteresovane za proizvodnju kvalitetnih genotipova adaptiranih na određene agro-ekološke uslove. Cilj ovog istraživanja bio je da sažme poznate informacije i otkrije nove podatke o S-alelima kod 23 autohtona, odnosno gеnоtipa trešnje nеpоznаtоg pоrеklа gajenih na različitim lokalitetima centralne Srbije. Genomska DNK ispitivanih genotipova trešnje je izolovana iz uzoraka mladog lista, primenom modifikovane CTAB mini prep metode. Upotreba lančane reakcije polimeraze (PCR) sa konsenzus prajmerima za drugi intron S-RNaze, prajmerima specifičnim za S-RNazu i određene alele SFB gena, zajedno sa DNK fragment analizom sa fluorescentno obeleženim prajmerima za amplifikaciju prvog introna S-RNaze i SFB introna, otkrila je 10 alela (S1 do S6, S9, S12, S13 i S22) koji su generisali 13 S-genotipova: S1S2 (jedan genotip), S1S4 (jedan genotip), S1S5 (jedan genotip), S2S3 (četiri genotipa), S3S4 (dva genotipa), S3S5 (dva genotipa), S3S6 (tri genotipa), S3S9 (dva genotipa), S3S12 (dva genotipa), S4S5 (jedan genotip), S4S13 (jedan genotip), S5S22 (jedan genotip) i S6S9 (dva genotipa). U ispitivanom autohtonom materijalu ustanovljeno je da je S3 najzastupljeniji alel, sa frekvencijom od 32,6%, dok je S2S3 najčešći S-genotip, sa učestalošću od 17,4%. Na osnovu dobijenih rezultata, autohtoni genotipovi trešnje su svrstani u 12 grupa inkompatibilnosti i grupu univerzalnih donora („0”). Rezultati ovog rada pružaju važne informacije o njihovoj međusobnoj kompatibilnosti i diverzitetu S-lokusa kod genotipova trešnje decenijama gajenih na prostoru naše zemlje. PB - Čačak : Naučno voćarsko društvo Srbije T2 - Voćarstvo T1 - An overview of S-genotype diversity in sweet cherry landraces grown in the central region of the Republic of Serbia T1 - Diverzitet S-genotipa autohtonog materijala trešnje gajene na prostoru centralne Srbije EP - 103 IS - 217-218 SP - 93 VL - 57 DO - 10.18485/pomology.2023.57.217_218.2 ER -
@article{ author = "Marić, Slađana and Radičević, Sanja and Milošević, Nebojša and Glišić, Ivana and Đorđević, Milena and Banović Đeri, Bojana", year = "2023", abstract = "Identification of the S-genotypes in landraces is a crucial step in the molecular characterization of Serbian autochthonous sweet cherry germplasm. It is also of enormous significance for breeders and growers, as this fruit species exhibits a gametophytic self-incompatibility, controlled by the multi-allelic two genes of the S-locus. The aim of this study was to summarize known information and reveal new data on the S-alleles in 23 sweet cherry landraces originating in the Republic of Serbia. The use of polymerase chain reaction (PCR) with consensus primers for the second intron of S-RNase, primers specific for S-RNase and certain SFB alleles, along with DNA fragment analysis using fluorescently labelled forward primers to amplify both the S-RNase first intron and the SFB intron, revealed 10 alleles (S1 to S6, S9, S12, S13 and S22) that generated the following 13 S-genotypes: S1S2 (one landrace), S1S4 (one landrace), S1S5 (one landrace), S2S3 (four landraces), S3S4 (two landraces), S3S5 (two landraces), S3S6 (three landraces), S3S9 (two landraces), S3S12 (two landraces), S4S5 (one landrace), S4S13 (one landrace), S5S22 (one landrace) and S6S9 (two landraces). The most frequent S-allele and S-genotype in this sweet cherry material were S3 and S2S3, with occurrence frequencies of 32.6% and 17.4%, respectively. Based on the obtained results, the sweet cherry landraces were assigned to 12 incompatibility groups and one group of universal donors (ʻ0ʼ). These results provide important information about their cross-compatibility and the diversity of the S-locus in Serbian sweet cherry germplasm., Trešnja (Prunus avium L.) je samobesplodna vrsta voćaka, čija je auto-inkompatibilnost gametofitnog tipa, regulisana ekspresijom dva gena S-lokusa odgovornih za sintezu proteina S-RNaze i SFB, odnosno ženske i muške komponente specifičnosti prepoznavanja sopstvenog i nesopstvenog polena. Stoga je ekspresija gena S-lokusa od esencijalnog značaja za regulisanje genetičke kompatibilnosti sorti trešnje, koje su međusobno inkompatibilne ukoliko su istog S-haplotipa. Za trešnju je karakteristično da postoji određeni broj samooplodnih sorti koje mogu zametati plodove pri oprašivanju sopstvenim polenom i istovremeno, zahvaljujući mutaciji u SFB genu, predstavljaju univerzalne oprašivače za ostale sorte. Nа оsnоvu S-gеnоtipа, sоrtе trеšnjе su klasifikovane u do sada poznate 63 grupe inkompatibilnosti (оznаčеnе оd I dо LXIII), kao i grupu sаmооplоdnih sоrti i grupu „0”, kојој pripаdајu sоrtе rеtkоg S-gеnоtipа kојi im оmоgućаvа dа budu pоtеnciјаlnо dоbri оprаšivаči sоrtаmа drugih grupа. Identifikacija S-genotipova kod autohtonih genotipova trešnje je ključan korak u molekularnoj karakterizaciji materijala kolekcionisanog na prostoru Republike Srbije, i od ogromnog je značaja kako za oplemenjivače, tako i za proizvođače zainteresovane za proizvodnju kvalitetnih genotipova adaptiranih na određene agro-ekološke uslove. Cilj ovog istraživanja bio je da sažme poznate informacije i otkrije nove podatke o S-alelima kod 23 autohtona, odnosno gеnоtipa trešnje nеpоznаtоg pоrеklа gajenih na različitim lokalitetima centralne Srbije. Genomska DNK ispitivanih genotipova trešnje je izolovana iz uzoraka mladog lista, primenom modifikovane CTAB mini prep metode. Upotreba lančane reakcije polimeraze (PCR) sa konsenzus prajmerima za drugi intron S-RNaze, prajmerima specifičnim za S-RNazu i određene alele SFB gena, zajedno sa DNK fragment analizom sa fluorescentno obeleženim prajmerima za amplifikaciju prvog introna S-RNaze i SFB introna, otkrila je 10 alela (S1 do S6, S9, S12, S13 i S22) koji su generisali 13 S-genotipova: S1S2 (jedan genotip), S1S4 (jedan genotip), S1S5 (jedan genotip), S2S3 (četiri genotipa), S3S4 (dva genotipa), S3S5 (dva genotipa), S3S6 (tri genotipa), S3S9 (dva genotipa), S3S12 (dva genotipa), S4S5 (jedan genotip), S4S13 (jedan genotip), S5S22 (jedan genotip) i S6S9 (dva genotipa). U ispitivanom autohtonom materijalu ustanovljeno je da je S3 najzastupljeniji alel, sa frekvencijom od 32,6%, dok je S2S3 najčešći S-genotip, sa učestalošću od 17,4%. Na osnovu dobijenih rezultata, autohtoni genotipovi trešnje su svrstani u 12 grupa inkompatibilnosti i grupu univerzalnih donora („0”). Rezultati ovog rada pružaju važne informacije o njihovoj međusobnoj kompatibilnosti i diverzitetu S-lokusa kod genotipova trešnje decenijama gajenih na prostoru naše zemlje.", publisher = "Čačak : Naučno voćarsko društvo Srbije", journal = "Voćarstvo", title = "An overview of S-genotype diversity in sweet cherry landraces grown in the central region of the Republic of Serbia, Diverzitet S-genotipa autohtonog materijala trešnje gajene na prostoru centralne Srbije", pages = "103-93", number = "217-218", volume = "57", doi = "10.18485/pomology.2023.57.217_218.2" }
Marić, S., Radičević, S., Milošević, N., Glišić, I., Đorđević, M.,& Banović Đeri, B.. (2023). An overview of S-genotype diversity in sweet cherry landraces grown in the central region of the Republic of Serbia. in Voćarstvo Čačak : Naučno voćarsko društvo Srbije., 57(217-218), 93-103. https://doi.org/10.18485/pomology.2023.57.217_218.2
Marić S, Radičević S, Milošević N, Glišić I, Đorđević M, Banović Đeri B. An overview of S-genotype diversity in sweet cherry landraces grown in the central region of the Republic of Serbia. in Voćarstvo. 2023;57(217-218):93-103. doi:10.18485/pomology.2023.57.217_218.2 .
Marić, Slađana, Radičević, Sanja, Milošević, Nebojša, Glišić, Ivana, Đorđević, Milena, Banović Đeri, Bojana, "An overview of S-genotype diversity in sweet cherry landraces grown in the central region of the Republic of Serbia" in Voćarstvo, 57, no. 217-218 (2023):93-103, https://doi.org/10.18485/pomology.2023.57.217_218.2 . .